EHEC madaling naitatalaga
New Diagnostic Teknolohiya: Genome ng EHEC pathogen reconstructed sa unang pagkakataon nang direkta mula sa mga pasyente na materyal
Medical microbiologist sa University Hospital Hamburg-Eppendorf (UKE) ay reconstructed kasama British siyentipiko at mga empleyado ng biotechnology kumpanya Illumina, ang kumpletong genome sequence ng pathogen ng EHEC epidemya ng 2011 direkta mula stool sample ng mga nahawaang mga pasyente. Ito tinatawag metagenomics diagnostic pamamaraan ay maaaring kumakatawan sa isang paradaym paghahalili sa diagnosis ng mga nakakahawang sakit, ang mga siyentipiko tapusin sa pamamagitan ng Prof. Dr. Martin Aepfelbacher. Ito ay nagpapahintulot sa pagkilala at malawak na paglalarawan ng mga nakakahawang mga ahente na walang ang karaniwang kinakailangan paglilinang sa laboratoryo.Ang mga resulta ng pag-aaral na-publish sa Miyerkules, 10. Abril sa isang espesyal na isyu ng prestihiyosong medical journal JAMA¹.
Ang EHEC outbreak sa unang bahagi ng tag-init 2011, na sanhi ng STEC O104: H4 sinabi bacterium ng genus Escherichia coli, ay ipinapakita ang napakalaking pinsala Infection Epidemic maaaring gawin sa isang modernong, mataas na industrialized lipunan. Sa oras na iyon, higit sa 3000 tao ay na-impeksyon, namatay sa 50 mga ito at marahil daan-daang pa rin magdusa ang aftereffects. "Sa panahon tulad epidemya ng pagharap sa mga indibidwal na mga kaso ng sakit at ang pagkalat ng pathogen depende critically sa kung gaano kabilis maaaring kinilala at characterized sa sumiklab strain," paliwanag Prof. Aepfelbacher, direktor ng Institute of Medical mikrobiyolohiya, Virology at Kalinisan.
Dati bacterial pathogens bago ang detalyadong pag-aaral na kailangan upang maging unang may pinag-aralan sa laboratoryo at ipinakita sa kanyang purest form. "Ang ilang mga uri ng pathogens na ito kultura ay nakakapagod, kung hindi imposible; sa ibang mga kaso, ang pagkakakilanlan ng ang pag-aalsa strains sa pamamagitan ng kawalan ng mga standard na mga pagsubok para sa pag-type fine mahirap, "sabi ni microbiologist Dr. Martin Christner.
Sa kasalukuyang pag-aaral na tinatawag na metagenomic pamamaraan ay unang ginagamit upang siyasatin ang isang pag-aalsa ng isang bacterial pathogen. Ang pinaka-modernong sequencing pamamaraan at espesyal na binuo biyoimpormatika pamamaraan ay ginamit. Para sa nagdaan na pagtatasa 45 stool sample ng mga pasyente ng E. coli outbreak ay nakuhang muli at sequenced. Ang DNA sequences nakuha ay napagmasdan para sa mga pagkakatulad at kung ikukumpara sa mga pagkakasunud-sunod mula sa dumi ng tao mga halimbawa ng malusog na mga boluntaryo. Prof. Aepfelbacher: "Na ito napagana tiyak sequences DNA na ipahiwatig ang pag-aalsa strain, ay nakilala sa complex Stuhlmetagenomen. Sa karamihan ng mga samples mayroong maramihang mga kopya ng buong genetic materyal ng STEC O104: H4 natagpuan "Sa tulong ng DNA analysis ay maaaring din sa ilang mga pasyente samples kung saan walang STEC O104 H4 ay natagpuan, iba pang diarrheal pathogens tulad ng Clostridium sutil, Campylobacter jejuni. o Salmonella enterica napansin.
"Pananaliksik na ito nagawa ipakita ang hindi kakaunti mga potensyal na ng metagenomics bilang profit open, kultura-independent paraan para sa pagkilala at paglalarawan ng bacterial pathogens," paliwanag Prof. Aepfelbacher. Ang kanyang kasamahan Dr. Martin Christner ay kumbinsido na "hindi lamang dagdagan ang kasalukuyang sinusunod sunud-unlad ng sequencing teknolohiya malamang na ang bilis at sensitivity sa mga pamamaraan na inilarawan, ngunit din ang gastos ay naaangkop mabawasan na ang isang gamitin sa routine klinikal na kasanayan ay posible. "
panitikan:
¹Loman et al, A Culture-Independent Sequence-Based metagenomics diskarte sa pagsisiyasat ng isang pag-aalsa ng Shiga-Toxigenic Escherichia coli O104. H4, JAMA. 2013; 309 (14): 1502 1510-; Magagamit pre-embargo sa media sa http://media.jamanetwork.com)
Source: Hamburg [UKE]
