EHEC лесно може да бъде отнесен

Нови диагностични технологии: генома на патогена ЕНЕС реконструиран за първи път директно от материал пациент

Медицински микробиолог в Университетската болница в Хамбург-Епендорф (UKE) са реконструирани, заедно с британски учени и служители на биотехнологична компания Illumina, пълния геном последователността на патогена на EHEC епидемията от 2011 директно от фекални проби от заразените пациенти. Това наречени metagenomics диагностична техника, може да представлява промяна на парадигмата в диагностицирането на инфекциозни заболявания, учените заключават от д-р Мартин Aepfelbacher. Това позволява идентифициране и характеризиране богат на инфекциозни агенти без обикновено изисква отглеждане в лабораторията.

Резултатите от изследването, публикувани в сряда, 10. Април в специален брой на престижното медицинско списание JAMA¹.

Епидемията на EHEC в началото на лятото 2011, причинена от бактерията STEC O104: H4 от вида Escherichia coli, показа огромните щети, които епидемията от инфекцията може да причини дори в едно модерно, високо индустриално общество. По това време повече от хора с 3000 бяха заразени, над 50 от тях умряха и вероятно стотици все още страдат от последиците. "По време на такава епидемия, справянето с отделните случаи на заболяване и по-нататъшното разпространение на патогена зависи изключително от това колко бързо може да се идентифицира и характеризира щамът на епидемията", обяснява проф. Aepfelbacher, директор на Института по медицинска микробиология, вирусология и хигиена.

Досега бактериалните патогени трябваше да се култивират в лабораторията преди подробния анализ и да се представят в чиста форма. „При някои видове патогени това култивиране вече е досадно или дори невъзможно; в други случаи, идентифицирането на щамовете на огнището е възпрепятствано от липсата на стандартни тестове за типизация на финта, ”обяснява микробиолог д-р мед. Мартин Кристин.

В настоящото изследване за първи път са използвани така наречените метагеномни методи за изследване на огнище с бактериален патоген. Използвани са най-съвременни техники за секвениране и специално разработени биоинформационни методи. За ретроспективен анализ, пробите от изпражнения на 45 от пациенти с огнище на EHEC бяха обработени и секвенирани. Получените ДНК последователности се изследват за сходства и се сравняват с последователности от проби от изпражнения на здрави индивиди. Проф. Aepfelbacher: „По този начин специфичните ДНК сегменти, които показват щама на огнището, могат да бъдат идентифицирани в комплексните метастази на изпражненията. Много копия от всички генетични материали от STEC O104: H4 са открити в повечето от пробите. "Освен това, ДНК проби от други проби от пациенти, които не съдържат STEC O104: H4, откриват други диарийни патогени като Clostridium difficile, Campylobacter jejuni или Salmonella enterica.

"Резултатите от тези изследвания показват значителния потенциал на метагеномиката като резултат от отворен, културно-независим метод за идентифициране и характеризиране на бактериални инфекциозни агенти", обяснява проф. Aepfelbacher. Неговият колега доктор Мартин Кристнер е убеден, че "бързата еволюция на технологиите за определяне на последователности, които се извършват в момента, вероятно ще повиши не само скоростта и чувствителността на описаните процедури, но също така ще намали разходите до степен да стане рутинна клинична употреба."

литература:

LLoman et al., Подходящ за културата последователен метагеномен подход към епидемията на Shiga-токсичен Escherichia coli O104: H4, JAMA. 2013; 309 (14): 1502-1510; Предварително ембарго на медиите http://media.jamanetwork.com)

Източник: Хамбург [UKE]