שיטת PCR חדשה לאיתור חיידקי מעיים בבשר בקר
נראה שזיהוי באמצעות תגובת שרשרת פולימראז (PCR) הוא שיטה מתאימה, ספציפית ורגישה לכך. עם זאת, רק שיטות PCR זמינות כעת עבור חיידקים בודדים. מחקרים קודמים תיארו רצף DNA הומולוגי נפוץ (phoP) במינים סלמונלה, E. coli, Shigella ו-Citrobacter ופיתחו פריימרים שגילו את ארבעת המינים הללו במבחן PCR. בעבודה נוספת, LI ו-MUSTAPHA חקרו את הספציפיות של פריימרים phoP אלה עבור ארבעת המינים שהוזכרו לעיל (Y. LI, A. MUSTAPHA: Development of a polymerase chain reaction assay to detecting enteric bacteria in meat beef. פיתוח שיטת PCR עבור זיהוי חיידקי מעיים בבשר בקר).
הרגישות נבדקה עם 4 המינים: דילול תאים הוכנו מזן אחד כל אחד של E. coli O157:H7, S. Typhimurium, Shigella flexneri ו-Citrobacter freundii. לאחר עיכול proteinase K, הרתחה וצנטריפוגה של תרחפי החיידקים, בוצע PCR עם הפריימרים phoP. הרגישות נקבעה עבור כל אחד מארבעת המינים הללו תוך שימוש בזמן ההעשרה הקצר ביותר הדרוש כדי לזהות את רמות הדילול הנמוכות ביותר.
יתר על כן, דגימות בשר בקר זוהמו באופן מלאכותי בארבעת הפתוגנים. כדי לבדוק את הספציפיות, נעשה שימוש ב-70 זנים שונים. זה כלל גם 48 מינים אחרים הרלוונטיים למזון כמו ליסטריה, ירסיניה, ביפידובקטריה, אנטרוקוקי, פרוטאוס, מיקרוקוקי ואחרים. . את תוצר ה-PCR המבוקש של 302 זוגות בסיסים ניתן היה לזהות רק בזנים של המין E. coli או בזני הסוג Salmonella, Shigella ו-Citrobacter. בשאר הזנים שנבדקו שאינם שייכים למינים/זנים אלו, תגובת ה-PCR הייתה שלילית.
מגבלת הגילוי בתרחפי החיידקים הייתה 900 תאים עבור E. coli O157:H7, 10 תאים עבור S. Typhimurium, 950 תאים עבור Shigella flexneri ו-140 תאים עבור Citrobacter freundii. בעזרת שיטת PCR זו, ניתן היה לשחזר יחידה יוצרת מושבה אחת (CFU) של כל אחד מארבעת הפתוגנים הללו בבשר בקר מזוהם באופן מלאכותי לאחר 4 שעות של העשרה. יחד עם שיטות תרבית, שיטת PCR זו מתאימה לזיהוי של E. coli, Citrobacter, Salmonella ו-Shigella בבשר בקר. עם זאת, יש צורך במחקרים נוספים כדי להבדיל בין ארבעת הפתוגנים הנישאים במזון.
מקור: Kulmbach [ PICHNER ]
