EHEC kergesti edasiantav

Uus diagnostika tehnoloogia: genoomi EHEC patogeeni rekonstrueeritud esmakordselt otse patsiendi materjali

Medical mikrobioloog University Hospital Hamburg-Eppendorfi (UKE) on taastatud koos Briti teadlased ja töötajad biotehnoloogia ettevõte Illumina täielik genoomi järjestuse patogeeni EHEC epideemia 2011 otse väljaheite proovidest nakatunud patsientidel. See kutsus metagenoomika diagnostikatehnikat võib kujutada paradigma muutust diagnoosi nakkushaiguste, teadlased järeldusele prof dr Martin Aepfelbacher. See võimaldab tuvastada ja ulatusliku iseloomustamine infektsioonitekitajaid ilma tavaliselt vajalik kasvatamine laboris.

Uuringu tulemused avaldati kolmapäeval 10. Aprillis erinumbris maineka Ravipäevikut JAMA¹.

E. coli puhangu varasuvel 2011 põhjustatud STEC O104: H4 nimetatud bakter perekonna Escherichia coli, on näidanud tohutut kahju infektsiooni epideemia võib teha kaasaegne, kõrgelt arenenud tööstusriikide ühiskonnas. Tol ajal üle 3000 inimesed on nakatunud umbes 50 suri, ja ilmselt sadu kannatavad siiani järelmõjud. "Sellistel epideemia tegelevad üksikud haigusjuhud ja edasise leviku haiguse sõltub olulisel kiiresti suudab tuvastada puhangu tüve ja iseloomustab," ütleb professor Aepfelbacher direktor Institute of Medical Microbiology, viroloogia ja Hügieen.

Seni bakteriaalsete patogeenide oli esimene laboris kultiveeriti ja esitatakse puhtal kujul enne põhjalikku analüüsi. "Teatud tüüpi ibafloksatsiinile kasvatamine on juba tüütu, kui mitte võimatu; muudel juhtudel identifitseerimine puhangu tüvede puudumine standard testide trahvi määramise on raske, "ütles mikrobioloog dr Martin Christner.

Käesolevas uuringus nimetatakse metagenoomseid meetodeid hakati kasutama uurida puhang bakteriaalse patogeeni. Moodsaim sekveneerimise ja spetsiaalselt väljatöötatud bioinformaatika meetodite kasutati. Sest retrospektiivse analüüsi 45 väljaheite proovidest patsientide E. coli puhangu töödeldi ja sekveneeriti. Saadud DNA järjestusi analüüsiti sarnasusi ja võrreldes järjestusi väljaheite proovidest tervete. Prof. Aepfelbacher: "Sel viisil võiks konkreetsete DNA segmendid, mis näitavad puhangu tüve tuvastatud kompleksi Stuhlmetagenomen. Enamikus proovidesse mitu koopiat kogu geneetiline materjal STEC- O104 olid: H4 leitud "Tänu DNA analüüsi ning samuti suutsid mõnel patsientide proovid, kus ükski STEC- O104. H4 leiti, teiste diarröa ibafloksatsiinile Clostridium difficile, Campylobacter jejuni või Salmonella enterica detekteerida.

"See uuring edu näidata märkimisväärset potentsiaali metagenoomika tulemusena avatud, kultuuri-sõltumatu meetod identifitseerimise ja kirjeldamise bakteriaalsete patogeenide," selgitab professor Aepfelbacher. Tema kolleeg dr Martin Christner on veendunud, et "suurendada praegu täheldatud kiiret arengut sekveneerimise tehnoloogiad tõenäoliselt mitte ainult kiirust ja tundlikkust kirjeldatud meetodeid, vaid ka kulu palju kui vähendada, et kasutatakse kliinilises rutiinne toiming on võimalik. "

kirjanduses:

. ¹Loman jt, Kultuur-Independent Sequence-Based metagenoomikal lähenemine uurimise puhkemisel Shiga-toksilistest Escherichia coli O104: H4, JAMA. 2013; 309 (14): 1502-1510; Saadaval eelnevalt embargo massimeedia http://media.jamanetwork.com)

Allikas: Hamburg [UKE]