Salmonella avastamine toidus geenisondide abil
Toidus Salmonella avastamise „kuldstandard”, mis põhineb tavapärastel kultuurimeetoditel, on väga aeganõudev ja töömahukas. Tulemuste saamiseks on vaja 3–5 tööpäeva. Seetõttu on suur huvi kiirete, tundlike ja spetsiifiliste tuvastamismeetodite väljatöötamise vastu. Varasemates uuringutes kirjeldati tehnikat, kus Salmonella 23S ribosoomi subühik tuvastati kudedes in situ hübridisatsiooni abil fluorestsentsiga märgistatud geenisondide abil.
FANG et al. kontrollitud, mil määral see FISH (fluorestsents in situ hübridisatsioon) meetod sobib Salmonella tuvastamiseks toiduainetes (Q. FANG, S. BROCKMANN, K. BOTZENHART, A. WIEDEMANN: Improved detection of Salmonella spp. in foods by fluorescent in situ hübridisatsioon 23S rRNA sondidega: võrdlus tavapäraste kultiveerimismeetoditega).
Autorid kasutasid oma uurimiseks kolme oligonukleotiidsondi (Sal-1, Sal-3, Sal-544), mis olid Salmonella 23S rRNA suhtes liigispetsiifilised. Nende sondidega testiti kokku 51 erinevate serovaride Salmonella tüve ja 46 Enterobacteriaceae teiste liikide ja teiste sugukondade liikide tüve. Kõik Salmonella tüved hübridiseerusid sondidega, ristreaktsiooni teiste mitte-Salmonella isolaatidega ei täheldatud. Lisaks uuriti, kas testitavate tüvede erinev säilitamine enne FISH-meetodi läbiviimist võib tulemusi mõjutada. Testitavate tüvede säilitustingimuste mõju tõhususele ei täheldatud.
18 erineva toidutüübi uurimine näitas, et ka erinevad maatriksid ei mõjutanud testi tulemusi. FISH-meetodit kasutades tuvastati Salmonella 52-s (sond Sal-1), 56-s (sond Sal-3) ja 36-s 225-st natiivsest proovist. Kasutades standardseid tavalisi kultiveerimismeetodeid, eraldati salmonella ainult 30 proovist 225-st.
Allikas: Pichner [ PICHNER ]
