EHEC בקלות להמחאה

טכנולוגית אבחון חדשה: הגנום של הפתוגן EHEC המשוחזר בפעם הראשונה ישירות מחומר החולה

מיקרוביולוג רפואי בבית המבורג-אפנדורף החולים האוניברסיטאי (UKE) מרכיב יחד עם מדעני עובדים בריטיים של חברת הביוטכנולוגיה Illumina, רצף הגנום המלא של הפתוגן של מגיפת EHEC של 2011 ישירות דגימות צואה של חולים שנדבקו. טכניקת האבחון metagenomics בשם זה יכול לייצג שינוי פרדיגמה באבחון של מחלות זיהומיות, המדענים להסיק על ידי פרופ 'ד"ר מרטין Aepfelbacher. זה מאפשר זיהוי ואפיון מקיף של חומרים מזהמים ללא טיפוח נדרש בדרך כלל במעבדה.

תוצאות המחקר שפורסמו ביום רביעי, 10. אפריל בגיליון מיוחד של כתב העת הרפואי היוקרתי JAMA¹.

התפרצות EHEC בתחילת קיץ 2011, שנגרמה על ידי החיידק מהסוג Escherichia coli הנקרא STEC O104:H4, הראתה את הנזק העצום שמגיפת זיהום יכולה לגרום אפילו בחברה מודרנית ומתועשת מאוד. באותה תקופה, יותר מ-3000 אנשים נדבקו, יותר מ-50 מהם מתו וכנראה מאות סובלים מהתופעות הלוואי כיום. "במהלך מגיפה כזו, האופן שבו מתמודדים עם מקרי המחלה האישיים וכיצד הפתוגן מתפשט עוד יותר תלוי באופן מכריע באיזו מהירות ניתן לזהות ולאפיין את זן ההתפרצות", מסביר פרופ' אפפלבאכר, מנהל המכון למיקרוביולוגיה רפואית, וירולוגיה והיגיינה.

בעבר, היה צורך לטפח פתוגנים חיידקיים במעבדה ולהציג אותם בצורתם הטהורה לפני שניתן היה לנתח אותם בפירוט. "במקרה של כמה מינים של פתוגנים, אפילו הגידול הזה הוא ארוך או אפילו בלתי אפשרי; במקרים אחרים, היעדר בדיקות סטנדרטיות להקלדה עדינה מקשה על זיהוי זני התפרצות", מסביר המיקרוביולוג ד"ר. מרטין כריסטיאן.

במחקר הנוכחי, נעשה לראשונה שימוש בשיטות המכונות מטאגנומיות כדי לחקור התפרצות עם פתוגן חיידקי. נעשה שימוש בטכניקות רצף מתקדמות ובשיטות ביואינפורמטיות שפותחו במיוחד. לצורך הניתוח הרטרוספקטיבי, 45 דגימות צואה מחולים המעורבים בהתפרצות ה-EHEC עובדו ונוצרו. רצפי ה-DNA שהתקבלו נבדקו לגבי דמיון והושוו לרצפים מדגימות צואה של מתנדבים בריאים. פרופ' אפפלבאכר: "בדרך זו ניתן היה לזהות קטעי DNA ספציפיים המעידים על זן ההתפרצות במטאנומים המורכבים של הצואה. ברוב הדגימות נמצאו עותקים מרובים של כל החומר הגנטי של STEC O104:H4". בעזרת ניתוח ה-DNA נמצאו גם פתוגנים אחרים של שלשול כמו Clostridium difficile ו-Campylobacter jejuni בחלק מדגימות המטופלים בהן אין STEC. נמצא O104:H4 או שניתן לזהות סלמונלה אנטריקית.

"הצלחות מחקריות אלו מדגימות את הפוטנציאל הניכר של המטאנומיה כשיטה פתוחה, בלתי תלויה בתרבות, לזיהוי ואפיון פתוגנים חיידקיים", מסביר פרופ' אפפלבאכר. עמיתו דר. מרטין כריסטנר משוכנע כי "הפיתוח המהיר של טכנולוגיות רצף שניתן לראות כיום, ככל הנראה לא רק יגדיל את המהירות והרגישות של השיטות המתוארות, אלא גם יקטין את העלויות עד כדי כך שניתן יהיה להשתמש בהן בשגרה. פרקטיקה קלינית".

ספרות:

104Loman et al., A Culture-Independent Sequence-Based Metagenomics Approach לחקירת התפרצות של Escherichia coli O4:H2013, JAMA, שיגה רעלנית. 309; 14(1502):1510-XNUMX; זמין מראש אמברגו לתקשורת ב http://media.jamanetwork.com)

מקור: המבורג [ UKE ]